La Seine est un fleuve à débit moyen profitant d’un climat tempéré. Sur les rives de la Seine et de ses nombreux affluents, on retrouve un espace naturel abritant une biodiversité très importante. Cependant, la qualité des espaces naturels diminue depuis les dernières décennies avec le développement de l’activité industrielle, qui s’est intensifié au cours de la deuxième moitié du XXe siècle puis du réchauffement climatique causé par l’Homme. Un des enjeux principaux de l’Axe Seine est de réussir à développer l’activité le long du fleuve tout en conservant la biodiversité.
Cette diversité des écosystèmes présente des atouts importants :
• Une réserve de biodiversité permettant la conservation et la protection de nombreuses espèces locales et natives de la région mais aussi communes à l’Europe, comme l’anguille
• Un attrait touristique car les réserves naturelles sont compatibles avec l’accueil de visiteurs en quête d’expériences « nature » : randonnée pédestre ou cyclable, équitation, gîtes ruraux…
Pour concilier dynamisation et conservation de nombreuses mesures de protections ont été mises en place dont un certain nombre de sites Natura 2000 (estuaire, îles et berges…) Il est ainsi indiqué par l’Inventaire national du patrimoine naturel : « l’estuaire actuel est morphologiquement profondément marqué par les activités humaines qui ont progressivement transformé les milieux en présence. Le développement du port du Havre d’une part et la recherche d’une meilleure navigabilité du fleuve par le port de Rouen d’autre part sont à l’origine d’une profonde mutation du milieu estuarien suite à des endiguements successifs et à la réalisation d’infrastructures portuaires, industrielles et routières. Malgré son artificialisation forte, l’estuaire de la Seine constitue encore un ensemble de milieux spécifiques remarquables ».
Cette richesse naturelle peut entrer en conflit avec les ambitions de développement des activités portuaires, fluviales. Le développement de l’industrie du passage de marchandises par les réseaux fluviaux ou de nouveaux axes de communication ne peuvent se faire détriment des milieux naturels. D’où l’importance des mesures de prévention en amont, de protection, de contrôle et de surveillance qui doivent désormais être intégrées par tous les acteurs des projets.